環境保護部南京環境科學研究所是環境保護部的直屬科研院所，以農村生態環境保護、自然生態和生物多樣性保護為科學研究方向。開展區域生態環境保護、自然保護、農村環境污染防治和農用化學品污染防治等方面的研究，承擔國家科技攻關項目和部省級重點科研項目，開展有機食品認證、ISO14000認證、環境工程、 能源工程、環境影響評價與生態規劃以及環境咨詢等方面的工作，并在相關領域與國際組織、外國科研機構和基金會開展廣泛的合作。

現有科技人員兩百余人，其中高級職稱57人，中級職稱78人，享受政府特貼14人；工程院院士1人；特聘研究員（院士和外籍專家）8人。

1978年建所以來共完成大、中型項目900余項，獲國家、部省級獎40項，出版專著40余部，發表論文800余篇。本所編輯出版的《生態與農村環境學報》被列為全國中文核心期刊。

科研場所占地2.12公頃、建筑面積1.5萬平方米；圖書館藏書數萬冊，中、外文期刊288種；科研儀器設備60余臺套；所內局域網與國際互聯網連通；擁有RS.GIS設備和軟件等。

300多人次出訪30多個國家和地區，來訪國外學者300余人，培訓外國學員100余人，與十多個國家的科研機構與組織以及聯合國環境開發署、世界銀行、亞洲開發銀行等國際組織建立了良好的合作關系。